El área de Patrimonio Inmaterial es el responsable del manejo del Archivo Audiovisual del Museo. En esa línea, recibe, produce, conserva y difunde registros documentales que preservan memorias, prácticas culturales, músicas, rituales y relatos contemporáneos, promoviendo el acceso público, la vinculación con comunidades y la continuidad de estos conocimientos.
La Colección Inmaterial del Museo contiene filmaciones, audios y fotografías relacionadas a los pueblos americanos prehispánicos y sus descendientes. Son más de 200.000 archivos, que pueden consultarse en la Biblioteca y Centro de Documentación, y una parte de ellos y en el sitio web.
El archivo audiovisual contiene el archivo de videos etnográficos, el archivo patrimonial, archivo sonoro, archivo de música indígena y archivo fotográfico. El área constantemente está en proceso de digitalización de estos materiales para que estén a disposición de las personas.